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dicen los cronistas que cuando en cholula había escasez de agua, los campesinos acudían a los sacerdotes a pedirles ayuda. los sacerdotes subían a la cima del cerro, donde sacrificaban niños de entre 6 y 7 años porque la tradición decía que eran mensajeros de tláloc, dios de la lluvia. al sacrificarlos, los niños irían a pedirle el agua. este altar fue construido después del abandono de la gran pirámide, y tenía a modo de ofrenda frente a su escalinata de poniente dos cráneos de niños.
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era considerada un altépetl: sitio básico en que se desarrollaba un gran pueblo bajo el cuidado de los dioses.
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la gran pirámide está rematada por un santuario dedicado a la virgen de los remedios. con la conquista ésta se convirtió en el símbolo de la superposición de la iglesia católica sobre la mayor pirámide del mundo indígena dedicada a quetzalcóatl, continuando así con la sacralidad del sitio.
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se ve como un cerro natural y tiene una altura de 62 metros. con su base de cerca de 400 m de lado está considerada la más grande del mundo en volumen total. como en otros lugares de méxico, cada nueva cultura que llegaba a la ciudad cubría la pirámide de la anterior.